Numune alma işlemi, çevre laboratuvarlarında kritik bir süreçtir. Çevre mevzuatı kapsamında rapor verebilmek için numunelerin yetkili laboratuvar ve sertifikalı çalışan tarafından alınması gerekmektedir.
Çevre Referans Laboratuvarı tarafından yetkilendirilen çevre laboratuvarları, numune alarak çevre mevzuatı kapsamında rapor verebilir. Tesis tarafından gönderilen numuneler için çevre mevzuatı kapsamında olmayan bir rapor sunulur. Bakanlık sertifika programları düzenleyerek, yetkili sorumluların numune almalarını sağlamaktadır. Sadece Bakanlığın numune alma eğitimine katılan, laboratuvar bünyesinde çalışmayan kişilerin aldığı numuneler, çevre mevzuatı kapsamında rapor hazırlanması için yeterli değildir. Kabul edilecek numune alma şekli şu şekildedir: sertifika alan yetkili kişi, yetkili çevre laboratuvarında çalışıyorsa alınan numune çevre mevzuatı kapsamında raporlanabilir.